Największa pod względem powierzchni wieś w Polsce, posiadająca wybitne walory klimatyczne i krajobrazowe i turystyczne. Zawoja noclegi istniała już prawdopodobnie pod koniec XVI wieku jako część wsi Skawica i nosiła nazwę Skawica Górna. Po raz pierwszy pojawiła się w dokumentach w roku 1646 jako „świeżo osadzone Zawoje”. Nazwa wsi jest pochodzenia wołoskiego; wywodzi się z dacko – rumuńskiego słowa zavoiu (podmokły las nad urwistym zakolem rzeki) i pierwotnie brzmiała Zawój.

W okresie międzywojennym Zawoja stała się miejscowością letniskową, o której rozwój starała się utworzona w roku 1928, Komisja Klimatyczna. Wybudowano wiele pensjonatów w tym zespół willi Polskiej Akademii Umiejętności. Powstało też muzeum regionalne.

Dzisiejsza Zawoja podzielona jest na trzy parafie: w Zawoi Dolnej (Centrum), w Zawoi Górnej (Wilczna) i w Zawoi Zakamieniu. Zanim w roku 1819 powstała pierwsza parafia w Zawoi Centrum wieś należała najpierw do w Mucharzu, a od 1646 roku do parafii w Makowie Podhalańskim. Pozostałe dwie parafie powstały niedawno: w roku 1981 w Zawoi Zakamieniu, w roku 1988 w Zawoi Górnej.