Zakopane noclegi jest najwyżej położonym miastem w Polsce: jego część miejska rozciąga się od 750 do 1000 m npm. W granicach administracyjnych Zakopanego znajduje się jeszcze część Tatr (z najwyższym punktem jakim jest wierzchołek Świnicy – 2301 m), a także Gubałówka (1120 m). Najwyższym miejscem pracy w Polsce jest obserwatorium meteorologiczne na Kasprowym Wierchu – 1985 m npm. Centralny punkt Zakopanego – skrzyżowanie ul. Krupówki i Kościuszki leży na wysokości 838 m npm.

Miasto jest usytuowane w Rowie Podtatrzańskim, między Tatrami a wzgórzem Gubałówki, należącym już do Beskidów. Stanowi południową część Podhala – regionu podgórskiego, od północy sąsiadującego z Tatrami. Kotlina, w której położone jest Zakopane, to część Rowu Podtatrzańskiego, ograniczonego od południa Tatrami, do północy Pogórzem Gubałowskim. Miasto, usytuowane najwyżej w Polsce, leży na 49°18′ szerokości geograficznej północnej i 19°57′ długości geograficznej wschodniej.